如果储存时间较长，金属加工液里会产生亚硝胺，亚硝胺是一种致癌物，水基金属加工液在长期储存中会缓慢生成亚硝胺，另外，盛装金属加工液的容器也可能引起亚硝胺物质生成。生产商和营销商需要与钢桶供应商进行核对，确保供应商在最后的防锈冲洗液中不使用亚硝酸钠。防锈剂中的亚硝酸盐会与金属加工液中的仲胺发生反应，从而形成亚硝胺致癌物。空气中的氮氧化物也会和金属加工液缓慢发生反应生成亚硝胺。金属加工液里的亚硝胺对环境和操作人员都是一种威胁，因此要做好废液回收工作。

在使用中，如何管理金属加工液很重要。如果使用和维护不当，容易导致金属加工液受到污染，滋生细菌，尤其是水基金属加工液，导致金属加工液变质。因为细菌会破坏乳化剂的性能，同时导致金属加工液变性。被细菌污染的金属加工液使用过程可以形成生物气溶胶，对操作人员健康有影响。金属加工液在加工过程中可能会混入金属碎屑，例如镍、铬等。

另外，金属加工油在使用过程中在高温作用下可能会产生多环芳烃。